Program magazynowy rzadko kiedy jest obecnie samodzielnym, pojedynczym programem używanym przez firmy. Na ogół jest to element szerszego pakietu oprogramowania firmowego. To jak najbardziej naturalna tendencja, gdyż magazyn i program magazynowy wiąże się na ogół z logistyką zakupową firmy lub jej działalnością handlową. Jest więc sprzężony z modułem odpowiedzialnym za fakturowanie oraz innymi elementami firmowego oprogramowania. Współczesne firmy dzięki komputerowe wspomaganej logistyce i zarządzaniu towarami mogą efektywniej uzupełniać zapasy magazynowe i prowadzić bardziej efektywną politykę handlową.